گاهی اوقات علت جمع شدن آب روی کفشور حمام، به خود حمام یا لوله فاضلاب آن مربوط نمی‌شود؛ بلکه گرفتگی از لوله اصلی فاضلاب ساختمان است. وقتی این لوله دچار گرفتگی شود، آب خروجی تمام واحدها یا بخش‌های مختلف ساختمان به‌درستی تخلیه نمی‌شود و فشار داخل شبکه فاضلاب افزایش پیدا می‌کند. در نتیجه، آب به‌کندی از کفشور حمام خارج می‌شود یا حتی ممکن است روی کف حمام جمع شود.
یکی از مهم‌ترین نشانه‌های گرفتگی لوله اصلی این است که مشکل فقط به حمام محدود نیست. برای مثال ممکن است هم‌زمان تخلیه کند آب و گرفتگی در توالت، گرفتگی سینک ظرفشویی، روشویی یا سایر کفشورها نیز رخ دهد. در موارد شدیدتر، صدای قل‌قل از لوله‌ها شنیده می‌شود، بوی نامطبوع فاضلاب در ساختمان پخش می‌شود یا حتی آب از کفشور و سایر خروجی‌های فاضلاب به سمت بالا برمی‌گردد.
این نوع گرفتگی معمولاً به‌دلیل تجمع حجم زیادی از چربی، رسوبات، دستمال کاغذی، اشیای خارجی یا ریشه درختان در مسیر لوله اصلی ایجاد می‌شود. به همین دلیل، برخلاف گرفتگی‌های سطحی، معمولاً با روش‌های خانگی برطرف نمی‌شود و نیاز به بررسی دقیق مسیر لوله و استفاده از تجهیزات تخصصی دارد.